Publié le 13 février 2026 à 13h00, mis à jour le 13 février 2026 à 19h32. Une étude menée en Côte d’Ivoire révèle que l’écureuil roux d’Afrique pourrait être à l’origine de la propagation du mpox (anciennement variole du singe) aux primates, et potentiellement à l’homme, offrant ainsi un aperçu crucial de l’origine de cette menace sanitaire mondiale.
- Des chercheurs ont identifié un écureuil roux infecté par le mpox à proximité d’une population de mangabeys sauvages touchée par une épidémie.
- L’analyse génomique a révélé une quasi-identité entre le virus présent chez l’écureuil et celui affectant les mangabeys, suggérant une transmission récente.
- L’étude souligne l’importance de la surveillance de la faune sauvage et de la gestion de la consommation de viande de brousse pour prévenir de futures épidémies.
La variole du singe, désormais appelée mpox, a cessé d’être une infection sporadique limitée à certaines régions d’Afrique pour devenir un problème de santé publique mondiale. L’Organisation mondiale de la santé (OMS) avait déclaré l’état d’urgence internationale face à son expansion rapide. Si la transmission interhumaine a suscité l’attention, les scientifiques ont toujours souligné la nécessité de comprendre l’origine du virus dans la nature, et les mécanismes de sa circulation entre les animaux.
Une étude publiée dans la revue Nature apporte désormais des données directes provenant de la forêt tropicale de Taï, en Côte d’Ivoire. Une équipe internationale y a documenté une épidémie au sein d’une communauté de mangabeys à joues rouges (Cercocebus atys) et a reconstitué son origine possible en combinant surveillance sanitaire, analyse génomique et études diététiques. Ce travail ne se limite pas à décrire un événement isolé, mais aborde une question fondamentale : quelles espèces animales entretiennent le virus et comment peut-il franchir la barrière des espèces ?
Une épidémie inattendue au cœur de la jungle
Fin janvier 2023, des chercheurs suivant quotidiennement un groupe de mangabeys habitués ont observé des lésions cutanées compatibles avec une infection par le mpox. Le groupe, composé d’environ 80 individus, jeunes et adultes, a vu près d’un tiers développer des symptômes visibles en quelques semaines. Selon l’article, «l’épidémie a touché un tiers du groupe, tuant quatre jeunes», un chiffre significatif pour une population sauvage où chaque individu est essentiel à la stabilité sociale.
Les lésions évoluaient de taches rougeâtres à des pustules et des croûtes, parfois accompagnées de léthargie et d’une perte d’appétit. Les autopsies réalisées sur trois des jeunes décédés ont confirmé la présence d’ADN viral dans plusieurs organes. De plus, l’analyse de 170 échantillons fécaux collectés pendant la période symptomatique a détecté du matériel génétique du virus dans 36 échantillons provenant de 19 individus, y compris des animaux ne présentant aucun signe clinique. Cette découverte suggère que le virus pouvait circuler de manière subclinique avant de se manifester.
L’équipe n’a pas limité son analyse à la description clinique. Elle a utilisé des techniques de séquençage à haut débit pour reconstruire presque intégralement les génomes du virus présents dans les tissus et les selles. Les génomes obtenus étaient identiques à plus de 90 % de la partie analysée, ce qui suggère une seule introduction du virus dans le groupe, suivie d’une transmission interne.
L’indice génétique qui pointe vers les écureuils
En analysant l’épidémie chez les mangabeys, les chercheurs ont examiné des échantillons de petits mammifères collectés dans la zone entre 2019 et 2024. Parmi près de 700 animaux capturés ou retrouvés morts, un cas clé est apparu : un écureuil roux d’Afrique (Funisciurus pyrropus) retrouvé mort le 3 novembre 2022, à environ trois kilomètres du territoire du groupe de primates.
L’article est précis : «Nous avons identifié un écureuil roux infecté par le mpox (Funisciurus pyrropus), retrouvé mort à 3 km du territoire des mangabeys 12 semaines avant l’épidémie». Tous les organes analysés contenaient des charges virales élevées, et l’équipe a réussi à isoler un virus viable à partir de différents tissus. Cela indique qu’il ne s’agissait pas d’une simple contamination environnementale, mais d’une infection active.
La comparaison génétique était encore plus révélatrice. «Les génomes de l’écureuil et du mangabey MPXV étaient presque identiques», soulignent les auteurs. Seules de petites différences ont été observées dans les régions répétitives du génome. En termes d’évolution, cette similitude suggère un événement de transmission récent entre les deux espèces.
Réservoirs, chasse et risque humain
Depuis des décennies, on soupçonne que certains écureuils africains pourraient agir comme réservoirs naturels du virus. Cependant, il manquait des preuves directes d’une transmission à d’autres mammifères dans des conditions naturelles. Cette étude ne prouve pas de manière définitive que l’espèce entretient le virus de manière permanente, mais elle accumule de solides arguments en faveur de cette hypothèse.
Le contexte social ajoute un élément d’inquiétude. Dans de nombreuses régions d’Afrique de l’Ouest, la viande de brousse reste une source importante de protéines. L’article rappelle que «étant donné que les écureuils et les primates non humains sont chassés, commercialisés et consommés par les humains en Afrique occidentale et centrale, l’exposition à ces animaux représente probablement un risque de transmission zoonotique du mpox».
Contrairement aux grands primates, les écureuils peuvent s’adapter aux habitats fragmentés et aux plantations proches des villages, augmentant ainsi les possibilités de contact avec les populations humaines, y compris les enfants impliqués dans la capture de petits rongeurs. Si le virus circule activement dans ces populations, le risque de nouveaux sursauts chez l’homme n’est pas négligeable.
L’étude souligne également qu’il serait erroné de se concentrer sur une seule espèce. Il est possible que plusieurs petits mammifères participent à l’écologie du virus. Pour cette raison, les auteurs préconisent la poursuite de la surveillance génomique et écologique dans les zones endémiques, en adoptant une approche «Une seule santé» qui intègre la santé humaine, animale et environnementale.