Publié le 2025-10-14 05:40:00. Pour la toute première fois, des scientifiques ont prouvé qu’un apport régulier d’aliments sains est indispensable au bon fonctionnement du microbiote intestinal, confirmant ainsi l’intuition derrière la recommandation des « 5 fruits et légumes par jour ».
- Une étude menée par l’EPFL et l’Université de Californie à San Diego a utilisé l’IA pour analyser les habitudes alimentaires de 1 000 participants.
- La régularité de l’alimentation saine est plus importante que la quantité ponctuelle pour la santé du microbiote.
- L’analyse des échantillons de selles, couplée à l’IA, permet de déterminer le régime alimentaire avec une grande précision et d’envisager des plans personnalisés.
Des chercheurs de l’École Polytechnique Fédérale de Lausanne (EPFL), en collaboration avec des scientifiques de l’Université de Californie à San Diego, ont utilisé des technologies innovantes, notamment l’intelligence artificielle (IA) et l’apprentissage automatique, pour apporter un nouvel éclairage sur le lien entre alimentation et santé. Leur étude, baptisée « Alimentation et Vous », a analysé les données nutritionnelles et les échantillons de selles de 1 000 personnes. Les conclusions principales révèlent non seulement l’importance d’inclure des fruits, des légumes et des céréales dans son régime, mais surtout que la constance de cette consommation est un facteur clé. C’est la première fois qu’une étude confirme scientifiquement la pertinence du conseil bien connu de consommer « cinq portions par jour » de fruits et légumes, une recommandation jusqu’alors basée sur l’intuition.
« Cette recherche démontre clairement qu’il est inutile de faire le plein de légumes un jour et de manger de manière déséquilibrée le reste de la semaine, voire du mois. Notre étude suggère qu’une consommation irrégulière d’aliments sains annule une grande partie de leurs bienfaits pour le microbiote intestinal. »
Professeur associé Marcel Salathé, responsable du laboratoire d’épidémiologie numérique et codirecteur du Centre d’IA de l’EPFL
La méthodologie de cette recherche est particulièrement novatrice. Les participants ont utilisé une application basée sur l’IA, « MonFoodRepo », qui permet de collecter des données nutritionnelles en identifiant les aliments à partir de photographies ou de codes-barres. Cette approche a permis de s’affranchir de la tenue de journaux alimentaires manuels, souvent fastidieux et moins précis. « Historiquement, la recherche en nutrition s’appuyait sur des questionnaires de fréquence alimentaire et des rappels sur 24 heures », explique Rohan Singh, assistant doctorant au laboratoire d’épidémiologie numérique de l’EPFL et auteur principal de l’article. « En théorie, on pourrait demander à quelqu’un de noter tout ce qu’il mange, mais en pratique, c’est quasi impossible et donc rarement fait. Aujourd’hui, l’IA offre une précision telle que nous pouvons réaliser cette collecte de données à grande échelle. »
Parallèlement, l’équipe américaine a exploité cette technologie pour analyser des échantillons de selles. Elle a ainsi réussi à déterminer le régime alimentaire d’une personne avec une précision de 85 %, en se basant uniquement sur la composition microbienne. Cette capacité ouvre la voie à la « prescription » de plans alimentaires personnalisés visant à améliorer la santé intestinale grâce à l’apprentissage automatique.
« Pour nos collaborateurs de San Diego, qui font partie des plus grands experts mondiaux en recherche sur le microbiote, c’était très enthousiasmant. Obtenir des données à partir d’un échantillon de selles est relativement simple, mais comprendre le régime alimentaire d’une personne est notoirement difficile, ce sont des données complexes à collecter. »
Professeur associé Marcel Salathé
Ces dernières années, le rôle du microbiote intestinal a été de plus en plus reconnu, non seulement pour la santé digestive, mais aussi pour son impact sur le métabolisme, les fonctions cognitives, la santé mentale, et bien d’autres aspects. Cette étude marque une étape supplémentaire vers des recommandations nutritionnelles fondées sur des données scientifiques solides, plutôt que sur des tendances éphémères.
« Notre étude est particulièrement intéressante car de nombreux troubles gastro-intestinaux liés au mode de vie se développent progressivement », précise Rohan Singh. « La nutrition étant l’un des principaux facteurs contribuant à ces maladies, des analyses comme la nôtre peuvent aider à identifier les axes d’amélioration dans le régime alimentaire d’une personne. L’IA peut ensuite accompagner l’individu pour ajuster son apport alimentaire en conséquence. »
Rohan Singh, assistant doctorant à l’EPFL
Bien qu’il faille encore du temps avant d’imaginer des toilettes intelligentes fournissant des analyses en temps réel de notre microbiote, ces résultats soulignent la nécessité pour les politiques nutritionnelles de suivre le rythme des avancées scientifiques. Les chercheurs suggèrent que les directives actuelles pourraient être révisées pour accorder plus d’importance à la régularité de l’alimentation qu’à la simple quantité ou au type d’aliments spécifiques pour une bonne santé.
L’application d’IA développée par l’EPFL est désormais utilisée dans deux nouvelles études : l’une portant sur la santé intestinale et la fonction cognitive, et l’autre examinant, grâce à sa fonction de scan des codes-barres, comment les additifs alimentaires peuvent affecter le microbiote. « Nous avons une forte hypothèse selon laquelle certains de ces additifs pourraient avoir un impact négatif sur votre microbiote, et nous avons déjà des indications préliminaires allant dans ce sens », confie le professeur Salathé. « Nous sommes encore au stade de l’analyse, mais les premiers résultats sont très prometteurs. »
« Dès le départ, nous savions que nous avions besoin d’un outil extrêmement convivial et simple d’utilisation, tout en étant capable de fournir les données nécessaires », ajoute le professeur Salathé, faisant référence à l’application. « Nous l’avons conçue pour répondre à nos propres besoins de recherche, mais aussi d’une manière qui puisse être utile à d’autres. Elle est aujourd’hui utilisée dans de nombreuses études sur la nutrition à travers le monde. »
Professeur associé Marcel Salathé
Cette recherche a été publiée dans la revue Nature Communications.