Publié le 2025-11-06 10:27:00. Une nouvelle méthode promet de révolutionner l’analyse protéomique en résolvant un problème majeur de « sur-étiquetage » des peptides, améliorant ainsi la précision de l’identification et de la quantification des protéines. Des chercheurs britanniques et allemands ont mis au point une approche à base de méthylamine pour neutraliser des modifications chimiques indésirables.
- Un problème persistant dans l’analyse protéomique est le « sur-étiquetage » des peptides, qui nuit à la précision de l’identification et de la quantification des protéines.
- Une équipe internationale a développé une méthode utilisant la méthylamine pour éliminer efficacement ces modifications indésirables, contrairement aux techniques précédentes.
- Cette avancée devrait améliorer significativement les futurs travaux en protéomique, notamment dans les applications de recherche et de diagnostic.
Dans le domaine de la spectrométrie de masse protéomique, l’identification et la quantification précises des protéines sont essentielles. Cependant, un processus courant de préparation des échantillons pose un défi : l’utilisation du N-hydroxysuccinimide (NHS) pour marquer les protéines. Bien que conçu pour faciliter la quantification, le NHS peut réagir de manière non désirée avec d’autres résidus d’acides aminés, formant des dérivés O-esters. Ces derniers se lient aux atomes d’oxygène d’acides aminés tels que la sérine, la tyrosine et la thréonine, compliquant l’analyse subséquente. Les scientifiques ont cherché des solutions pour pallier ce phénomène de sur-étiquetage.
Si des méthodes comme le traitement à l’hydroxylamine ont été employées pour tenter de réduire l’excès d’esters NHS, leur efficacité reste limitée. Les chercheurs manquaient jusqu’à présent de solutions véritablement performantes pour éliminer complètement les peptides sur-étiquetés. C’est dans ce contexte que Yana Demyanenko et son équipe, issus d’institutions basées au Royaume-Uni et en Allemagne, ont publié leurs découvertes dans la revue Protéomique moléculaire et cellulaire. Leur article détaille le développement d’une méthode innovante basée sur l’utilisation de la méthylamine pour neutraliser ces modifications O-ester.
Les expériences menées par l’équipe ont démontré que la méthylamine surpassait d’autres réactifs testés, tels que l’hydroxylamine, l’O-méthoxylamine HCl, l’hydrate d’hydrazine, le Tris et l’hydroxyde d’ammonium, dans la réduction des peptides surmarqués. Alors qu’un marquage standard sans traitement spécifique entraînait plus de 25 % de peptides surmarqués, et que l’hydroxylamine parvenait à réduire ce taux à environ 10 %, la méthylamine a réussi à abaisser le niveau de sur-étiquetage à moins de 1 %. De manière cruciale, ce traitement n’a pas affecté le taux de marquage initial ni introduit de nouvelles modifications indésirables. Les chercheurs prévoient d’appliquer cette approche à divers protocoles protéomiques afin d’optimiser davantage l’identification et la quantification des peptides.