Publié le 2025-11-07 10:06:00. Une découverte majeure lie des vestiges d’ADN viral ancestraux, intégrés dans notre génome depuis des millions d’années, à des mécanismes vitaux du développement placentaire et à des complications de grossesse modernes comme la prééclampsie. Cette avancée ouvre la voie à de nouveaux outils de diagnostic précoce.
Notre ADN est parsemé de reliques de rencontres virales passées. Ces fragments d’ADN viral, intégrés il y a des millions d’années, sont généralement inactifs. Cependant, une collaboration scientifique internationale a révélé comment certains d’entre eux jouent aujourd’hui un rôle fonctionnel crucial, notamment dans la régulation de gènes essentiels au bon développement et au fonctionnement du placenta. L’étude, publiée cette semaine dans la revue Genome Biology, met en lumière l’implication d’un gène particulier, EPS8L1, dont la surproduction est associée à des caractéristiques clés de la prééclampsie, un trouble potentiellement mortel durant la grossesse.
« Ces résultats établissent un lien entre un processus évolutif profond et un problème clinique très actuel, et suggèrent l’existence d’un biomarqueur potentiel pour détecter le risque de prééclampsie avant même l’apparition des symptômes. »
Professeur Zsuzsanna Izsvák, responsable de groupe au laboratoire mobile d’ADN au centre Max Delbrück de Berlin
La prééclampsie affecte environ 5 % des grossesses et représente un danger sérieux pour la mère comme pour le fœtus. En l’absence de traitement curatif, les cas les plus graves imposent une naissance prématurée. La cause exacte de ce syndrome reste difficile à cerner, en partie à cause des obstacles à son étude.
L’intelligence artificielle au service de la recherche
Pour percer ces mystères, les chercheurs ont eu recours à « A100 Beast », un modèle d’apprentissage profond développé par le Dr Amit Pande au laboratoire Izsvák. Cet outil a permis de classer avec précision les séquences d’ADN qui régulent l’expression génique d’une espèce à l’autre.
« Nous avons appris à l’IA à lire l’ADN comme un langage. Elle a prédit des régions amplificatrices jusqu’alors négligées, dont beaucoup sont d’origine virale, nous donnant ainsi les premiers indices. »
Dr Amit Pande
Sur les génomes placentaires, « A100 Beast » a identifié un groupe d’amplificateurs ERV3-MLT1 particulièrement actifs. Ces travaux ont été menés en partenariat avec l’Université de Bath et plusieurs centres cliniques, analysant des tissus placentaires issus de grossesses normales et de cas de prééclampsie. Les études ont confirmé la présence de 87 activateurs d’origine virale actifs dans le placenta, qui contribuent à stimuler neuf gènes souvent dérégulés dans la prééclampsie.
« Nous avons été surpris, car même si notre génome contient l’ADN de dizaines de familles virales, seule une famille particulière, ERV3-MLT1, semblait liée à la prééclampsie. »
Dr Manvendra Singh, co-premier auteur de l’étude
Parmi les gènes identifiés, l’équipe s’est penchée sur EPS8L1, un gène jusqu’alors peu étudié. Il s’avère que ce gène est exprimé dans les trophoblastes, cellules fondamentales pour la formation du placenta. Des études fonctionnelles ont démontré que la surproduction d’EPS8L1 dans des cultures de cellules placentaires induit des symptômes de prééclampsie, tels qu’une invasion trophoblastique réduite, une altération de la formation vasculaire et un stress oxydatif. Ironiquement, l’inactivation complète du gène entraîne la mort cellulaire, suggérant son rôle essentiel pour le fonctionnement normal.
Un biomarqueur potentiel pour une détection précoce
Fait notable, une forme sécrétée d’EPS8L1 a été détectée dans le sang maternel. Les niveaux de cette protéine corrèlent avec les biomarqueurs déjà connus de la prééclampsie, ouvrant la possibilité de l’utiliser dans des panels de dépistage sanguin pour détecter un risque accru dès le premier trimestre, bien avant l’apparition des symptômes cliniques.
« C’était particulièrement enthousiasmant car pour être véritablement utile, un biomarqueur doit être détectable dans des populations d’origines ethniques variées. Nous avons constaté que ce gène n’était pas associé à d’autres complications de grossesse, renforçant l’idée qu’il pourrait être spécifiquement indicateur de la prééclampsie. »
Dr Rabia Anwar, co-premier auteur de l’étude
Une étude clinique plus approfondie est désormais nécessaire pour confirmer le potentiel d’EPS8L1 en tant que biomarqueur de dépistage précoce de la prééclampsie.
Un héritage viral vieux de 100 millions d’années
Au-delà de ses implications médicales, cette recherche souligne l’influence continue des virus anciens sur la biologie humaine. L’ADN viral étudié a été intégré chez les primates il y a plus de 100 millions d’années, avant la séparation évolutive avec les rongeurs.
« Cela nous rappelle qu’il reste encore beaucoup à découvrir sur notre génome et sur la manière dont les infections anciennes continuent de façonner qui nous sommes aujourd’hui. »
Dr Laurence D. Hurst, professeur de génétique évolutive à l’Université de Bath
Le cadre d’apprentissage profond A100 Beast est accessible gratuitement sur Hugging Face Spaces, permettant ainsi à d’autres scientifiques d’explorer les amplificateurs viraux et non viraux à travers différentes espèces.