Publié le 13 février 2026 06:25:00. Une enquête épidémiologique a permis de retracer l’origine d’une épidémie locale de chikungunya dans la ville de Nan’an, province du Fujian, en Chine, à un cas importé du district voisin de Licheng, soulignant la rapidité de transmission de ce virus par les moustiques Aedes.
- Deux cas locaux de chikungunya ont été identifiés à Nan’an, sans antécédents de voyage dans les zones à risque.
- L’analyse génomique a confirmé une identité totale entre les souches virales des cas locaux et d’un cas importé.
- La transmission locale s’est produite environ neuf jours après l’apparition du cas importé.
Le chikungunya (CHIKF) est une maladie infectieuse transmise par les moustiques, causée par le virus chikungunya (CHIKV). Elle se manifeste par de la fièvre, des éruptions cutanées et, surtout, des douleurs articulaires sévères. Le changement climatique mondial, l’augmentation des voyages internationaux et du commerce ont contribué à l’expansion géographique du virus, qui se propage désormais des zones tropicales et subtropicales vers les régions tempérées, représentant une menace persistante pour la santé publique. Dans le sud de la Chine, la présence du moustique Aedes albopictus favorise l’introduction de cas importés et leur transmission locale.
Le cycle de transmission urbain du CHIKV repose sur trois éléments clés : des individus porteurs du virus, des moustiques vecteurs infectés (avec une période d’incubation extrinsèque, ou PEI, généralement comprise entre 2 et 10 jours) et des personnes sensibles (avec une période d’incubation intrinsèque, ou PII, généralement comprise entre 1 et 12 jours). Bien que les durées de ces périodes aient été définies en laboratoire, les données empiriques sur l’ensemble du cycle de transmission dans des conditions réelles restent limitées. Ces informations sont cruciales pour établir des délais précis et guider les interventions de santé publique au niveau local.
Fin août 2025, une épidémie de chikungunya transmise localement a été signalée dans le district de Licheng, dans la ville de Quanzhou, province du Fujian. Le 3 septembre, deux cas d’origine locale, impliquant des frère et sœur, ont été identifiés dans la ville voisine de Nan’an, également à Quanzhou. Aucun des deux patients n’avait voyagé dans le district de Licheng ou dans d’autres zones endémiques du CHIKV au cours des 12 jours précédant l’apparition des symptômes. Cette situation a conduit à une enquête approfondie visant à identifier la source de l’infection et à fournir des données probantes pour améliorer les stratégies de prévention et de contrôle dans les régions non endémiques.
Les équipes du Centre de contrôle et de prévention des maladies (CDC) de Nan’an ont collecté quatre types de données : les symptômes cliniques et les résultats d’analyses des deux cas initiaux et des personnes qui les côtoyaient, le détail de leurs activités et de leurs expositions potentielles au cours des 12 jours précédents, les données de surveillance entomologique (mesure de l’indice de Breteau pour les larves d’Aedes et évaluation de l’indice de piqûre pour la densité des moustiques adultes) dans un rayon de 100 mètres autour de la clinique E et des domiciles des patients, et enfin, les informations issues du suivi des contacts pour remonter à d’éventuelles sources d’infection.
L’extraction des acides nucléiques viraux a été réalisée à l’aide d’un kit à base de billes magnétiques (ZYHJ, 2507003) et d’un système automatisé (EXM 3000). Les échantillons de sérum ont ensuite été analysés par PCR en temps réel avec un kit permettant de détecter simultanément les virus de la dengue, du Zika et du chikungunya (QuantStudio 7 Flex), conformément aux recommandations diagnostiques et thérapeutiques du CHIKV (édition 2025).
L’ARN viral a été extrait des échantillons de sérum et amplifié par transcription inverse, ciblant le génome entier du CHIKV, à l’aide du kit BK-CHIKV024 (Hangzhou Baiyi). La construction des bibliothèques a été effectuée avec un kit sans amplification, et le séquençage du génome pathogène a été réalisé sur une plateforme GridION X5 à nanopores. Le logiciel Baiyi (version 5.2, Hangzhou Baiyi Technology Co., Ltd., Hangzhou, Chine) a permis d’évaluer la qualité des données de séquençage et d’assembler le génome entier du CHIKV, en utilisant GCF_002889555.1 comme séquence de référence. Les séquences obtenues (cas 1 et 2) ont été comparées à celles du cas suspecté lié, de la première souche identifiée dans le district de Licheng et de séquences représentatives du génotype CHIKV disponibles dans la base de données GenBank. L’alignement des séquences multiples a été réalisé avec MAFFT (version 7.487, Advanced Industrial Science and Technology, Tokyo, Japon), et le modèle de substitution de nucléotides le plus approprié (GTR + F + I) a été déterminé avec IQ-TREE (version 2.4.0, Bui Quang Minh, Département de biologie évolutive de Vienne, Vienne, Autriche). Un arbre phylogénétique à vraisemblance maximale a ensuite été construit avec 1 000 répétitions bootstrap.