Publié le 13 février 2024. Une étude menée à Hawaï révèle la diversité insoupçonnée des virus portés par les acariens plats, des ravageurs agricoles capables de transmettre des maladies aux plantes. Cette recherche ouvre de nouvelles perspectives pour la surveillance des virus végétaux et la protection des cultures.
- Des chercheurs ont identifié un large éventail de virus associés aux acariens Brevipalpus et Dolichotetranychus sur deux îles hawaïennes.
- L’analyse a révélé la présence de génomes presque complets de virus connus, ainsi que de nouvelles séquences virales divergentes.
- Cette étude met en évidence l’importance de la viromique à haut débit (HTS) pour la surveillance des virus végétaux et la biosécurité agricole.
Les acariens plats (Tenuipalpidae) constituent un groupe diversifié d’arthropodes phytophages, dont certaines espèces du genre Brevipalpus sont des ravageurs économiques majeurs en raison de leur capacité à transmettre des virus aux plantes. Ces virus, regroupés en deux grandes catégories – BTV-C (genres Cilevirus et Higrevirus, famille des Kitaviridae) et BTV-N (genre Dichorhavirus, famille des Rhabdoviridae) – provoquent des infections localisées qui peuvent affecter significativement les rendements agricoles.
Malgré leur importance, la connaissance du virome, c’est-à-dire l’ensemble des virus associés, à ces acariens vecteurs restait jusqu’à présent limitée. Pour combler cette lacune, une équipe de chercheurs a utilisé le séquençage à haut débit (HTS) pour analyser les populations virales présentes chez les acariens Brevipalpus et Dolichotetranychus collectés sur différentes plantes hôtes dans les îles hawaïennes. Les résultats de cette analyse ont révélé une diversité virale beaucoup plus importante que prévue.
L’étude a permis d’identifier des séquences virales appartenant à plusieurs familles, notamment les Kitaviridae, les négévirus, les Picornaviridae, les Narnaviridae, les Tombusviridae, les Solemoviridae, les Ourmiaviridae, les Reoviridae et les Potyviridae. Plus précisément, les chercheurs ont réussi à reconstituer des génomes presque complets du virus de la lèpre des agrumes C2H et du virus des taches vertes de l’hibiscus 2, deux virus appartenant au groupe BTV-C. Cette réussite démontre l’efficacité de la viromique basée sur le HTS pour la surveillance des BTV chez les acariens vecteurs.
En outre, l’analyse a mis en évidence plusieurs séquences virales divergentes, notamment un négévirus associé à Brevipalpus, un virus de type bluner également associé à Brevipalpus, et un virus de type cile associé à Dolichotetranychus. Ces nouveaux virus présentent des affinités évolutives avec les virus liés au BTV-C. Les analyses phylogénétiques confirment les liens évolutifs entre les négévirus et les kitaviridés, ce qui soutient l’hypothèse selon laquelle les Kitaviridae auraient évolué à partir d’ancêtres associés aux arthropodes.
Bien que la présence de certains virus végétaux détectés puisse être due à leur ingestion par les acariens plutôt qu’à une réplication active, cette étude fournit un cadre solide pour la surveillance des acariens tenuipalpides basée sur l’analyse de leurs viromes. Elle contribue ainsi à une meilleure compréhension de l’évolution des virus végétaux et soutient les efforts de biosécurité agricole et de lutte antiparasitaire.
Ce travail de recherche a été financé par le USDA-NIFA (numéro de subvention HAW09050-H).
Les auteurs déclarent ne pas avoir d’intérêts concurrents.