Publié le 25 février 2026. Un rapport récent met en lumière les obstacles réglementaires et les inégalités d’accès qui freinent le développement et l’adoption de nouvelles stratégies antimicrobiennes, telles que la phagothérapie et la transplantation de microbiote fécal, face à la crise croissante de la résistance aux antibiotiques.
Les antimicrobiens non traditionnels, incluant la phagothérapie, l’édition génétique, l’immunothérapie et la transplantation de microbiote fécal, sont confrontés à des défis majeurs en termes de développement et d’autorisation, similaires à ceux des antibiotiques conventionnels. Cependant, les cadres réglementaires actuels ne tiennent pas compte des spécificités biologiques et technologiques de ces nouvelles approches, selon un « Rapport d’anticipation » sur les stratégies antimicrobiennes dans la médecine du futur.
Le rapport souligne également un manque d’harmonisation dans les exigences d’évaluation de ces thérapies, ce qui ralentit leur mise en pratique clinique. Il est difficile de comparer ces produits entre eux et avec les médicaments traditionnels, faute de preuves standardisées.
L’utilisation excessive et inappropriée des antibiotiques est un facteur clé de l’augmentation de la résistance aux antimicrobiens, une menace grandissante pour la santé publique mondiale. Dans ce contexte, la médecine de précision offre de nouvelles perspectives, notamment grâce à la phagothérapie, qui utilise des virus (bactériophages) pour cibler les infections résistantes aux antibiotiques. La greffe de microbiote fécal, l’édition génétique, l’immunothérapie et les nouveaux vaccins font également partie de ces alternatives prometteuses.
Des recherches récentes mettent en évidence le potentiel des synergies entre les phages et les antibiotiques. Selon le Dr María Teresa Coque González, chercheuse à l’hôpital universitaire Ramón y Cajal et à l’Institut de recherche biomédicale Ramón y Cajal (IRYCIS) de Madrid :
« Les antibiotiques peuvent augmenter la réplication des phages »
et ainsi améliorer l’efficacité antimicrobienne globale, tout en réduisant les doses nécessaires et le risque d’apparition de nouvelles résistances.
L’édition génétique, via les systèmes CRISPR-Cas, permettrait d’éliminer les gènes responsables de la résistance ou de la virulence chez les bactéries.
« Cet ensemble de technologies utilise des enzymes guidées pour reconnaître et couper des séquences spécifiques d’ADN ou d’ARN dans les bactéries, resensibiliser les souches résistantes et moduler le microbiome avec une grande précision »
, explique le Dr Coque, également scientifique au Centre de recherche biomédicale en réseau sur les maladies infectieuses (CIBERINFEC).
Le rapport met en garde contre les « inégalités dans l’accès aux stratégies antimicrobiennes innovantes ». La mise en œuvre de ces nouvelles approches est entravée par des disparités d’accès, tant entre les pays qu’au sein des systèmes de santé. Les technologies avancées, telles que le séquençage massif et l’analyse métagénomique, sont coûteuses et nécessitent une infrastructure spécialisée, limitant leur application aux contextes disposant de ressources importantes.
Les pathologies infectieuses, causées par des bactéries, des virus, des champignons ou des parasites, sont responsables de plus de 17 millions de décès chaque année dans le monde, selon l’Organisation mondiale de la santé (OMS). La médecine personnalisée de précision propose un changement de paradigme, passant d’une approche centrée sur l’agent pathogène à une vision plus globale intégrant les données spécifiques du patient.
La Fondation Roche Institut a promu la publication de ce rapport afin de souligner l’importance de la médecine personnalisée de précision dans la lutte contre les infections et la résistance aux antimicrobiens. Cette approche permet d’améliorer la prévention, le diagnostic, le traitement et la compréhension de l’interaction entre l’agent infectieux et l’hôte.
Les technologies omiques, les sciences des données et l’intelligence artificielle (IA) jouent un rôle crucial dans cette évolution. Elles permettent de caractériser plus précisément les mécanismes de virulence et de résistance, et de mieux comprendre l’interaction entre le pathogène et l’hôte. Des outils innovants, tels que la bio-impression, permettent de créer des modèles de tissus humains pour étudier les infections et évaluer l’efficacité des traitements.
Le projet MePRAM (2023-2025), première initiative espagnole de médecine de précision contre la résistance aux antimicrobiens, s’appuie sur l’étude de la résistance à ces médicaments à travers une approche globale et personnalisée, intégrant des technologies omiques et des algorithmes d’IA.
Dans le domaine de la prévention, l’analyse des données omiques permet de stratifier la population en fonction du risque d’infection. Des études ont montré que les patients présentant des altérations de la composition du microbiome intestinal et une réponse immunitaire innée dérégulée ont un risque d’infection six fois plus élevé, en particulier en soins intensifs.
L’épidémiologie de précision, grâce au séquençage génomique et aux progrès de la science des données, a révolutionné la réponse aux épidémies, permettant de suivre les mutations et de reconstruire la dynamique de transmission. Les tests de diagnostic rapide « syndromique » permettent d’identifier rapidement les agents microbiens responsables de symptômes similaires, accélérant ainsi la prise de décision médicale.
Enfin, la directrice générale de la Fondation Roche Institut, Consuelo Martín de Dios, souligne que
« La médecine personnalisée de précision marque un avant et un après dans la lutte contre la résistance aux antimicrobiens. Intégrer la génomique de l’agent pathogène au profil du patient nous permet d’avancer vers une stratégie diagnostique et thérapeutique beaucoup plus intelligente, précise et personnalisée »
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