Pour la toute première fois, des chercheurs ont mis la main sur des preuves génomiques directes de la bactérie responsable de la peste de Justinien, la première pandémie mondialement répertoriée. Ces découvertes, réalisées en Méditerranée orientale, là où l’épidémie avait frappé il y a près de 1 500 ans, viennent clore un chapitre important de l’histoire.
Une équipe interdisciplinaire, menée par des scientifiques de l’Université de Floride du Sud (USF) et de la Florida Atlantic University (FAU), en collaboration avec des experts indiens et australiens, a identifié le pathogène, Yersinia pestis, dans une fosse commune de la cité antique de Jerash, en Jordanie. Ce site se trouvait non loin de l’épicentre de cette première grande pandémie, qui a ravagé l’Empire byzantin entre 541 et 750 après J.-C. Ce travail révolutionnaire établit un lien définitif entre l’agent pathogène et la peste de Justinien, résolvant ainsi l’une des énigmes historiques les plus persistantes.
Pendant des siècles, les historiens ont débattu des causes de cette épidémie dévastatrice qui a coûté la vie à des dizaines de millions de personnes, remodelé l’Empire byzantin et, par conséquent, influencé le cours de la civilisation occidentale. Malgré de nombreuses preuves circonstancielles, l’identification directe du microbe responsable était restée insaisissable, constituant un maillon manquant dans l’histoire des pandémies.
Grâce à deux publications récentes, dirigées par l’USF et la FAU, ces réponses tant attendues sont enfin apportées, offrant une perspective inédite sur l’un des épisodes les plus marquants de l’histoire humaine. Cette découverte met également en lumière la pertinence actuelle de la peste : bien que rare, Y. pestis continue de circuler dans le monde. Récemment, un cas de peste pneumonique, la forme la plus létale de l’infection, a été enregistré dans le nord de l’Arizona, marquant le premier décès aux États-Unis depuis 2007, et une autre personne en Californie a été testée positive.
« Cette découverte apporte la preuve définitive et tant recherchée de la présence de Y. pestis à l’épicentre de la peste de Justinien », souligne Rays HY Jiang, PhD, chercheur principal des études et professeur agrégé au Collège de santé publique de l’USF. « Pendant des siècles, nous nous sommes appuyés sur des récits écrits décrivant une maladie dévastatrice, mais nous manquions de toute preuve biologique solide de la présence de la peste. Nos découvertes fournissent la pièce manquante de ce puzzle, offrant la première fenêtre génétique directe sur la manière dont cette pandémie s’est propagée au cœur de l’empire. »
La peste de Justinien est apparue pour la première fois dans les annales historiques à Péluse (aujourd’hui Tell el-Farama) en Égypte, avant de se disséminer dans tout l’Empire romain d’Orient, ou byzantin. Si des traces de Y. pestis avaient déjà été retrouvées à des milliers de kilomètres, dans de petits villages d’Europe occidentale, aucune preuve n’avait jusqu’alors été trouvée au sein même de l’empire ou à proximité de son cœur pandémique.
« En utilisant des techniques ciblées d’ADN ancien, nous avons réussi à récupérer et séquencer le matériel génétique de huit dents humaines extraites de chambres funéraires situées sous l’ancien hippodrome romain de Jerash, une ville à seulement 320 kilomètres de l’ancienne Péluse », explique Greg O’Corry-Crowe, PhD, co-auteur et professeur-chercheur à l’Institut océanographique Harbor Branch de la FAU et explorateur du National Geographic.
L’hippodrome avait été transformé en fosse commune entre le milieu du VIe et le début du VIIe siècle, période durant laquelle des récits écrits font état d’une soudaine vague de mortalité.
L’analyse génomique a révélé que les victimes de la peste portaient des souches de Y. pestis quasi identiques, confirmant pour la première fois la présence de la bactérie au sein de l’Empire byzantin entre 550 et 660 après J.-C. Cette uniformité génétique suggère une épidémie rapide et dévastatrice, en accord avec les descriptions historiques d’une peste provoquant des décès massifs.
« Le site de Jerash offre un aperçu rare de la manière dont les sociétés anciennes ont réagi à une catastrophe de santé publique », indique Jiang. « Jerash était l’une des villes clés de l’Empire romain d’Orient, un centre commercial documenté doté de structures magnifiques. Le fait qu’un lieu autrefois destiné au divertissement et à la fierté civique soit devenu un cimetière de masse en situation d’urgence montre à quel point les centres urbains étaient très probablement submergés. »
Une étude complémentaire, également dirigée par l’USF et la FAU, replace la découverte de Jerash dans un contexte évolutif plus large. En analysant des centaines de génomes anciens et modernes de Y. pestis, y compris ceux récemment récupérés à Jerash, les chercheurs ont démontré que la bactérie circulait parmi les populations humaines depuis des millénaires avant l’épidémie justinienne.
L’équipe a par ailleurs découvert que les pandémies de peste ultérieures, de la Peste Noire du XIVe siècle aux cas apparaissant encore aujourd’hui, ne descendent pas d’une unique souche ancestrale. Elles sont plutôt apparues indépendamment et à plusieurs reprises à partir de réservoirs animaux de longue date, éclatant en plusieurs vagues à travers différentes régions et époques. Ce schéma répétitif contraste fortement avec la pandémie de SRAS-CoV-2 (COVID-19), qui est née d’un seul événement de contagion et a évolué principalement par transmission interhumaine.
Ensemble, ces découvertes majeures redéfinissent notre compréhension de la façon dont les pandémies émergent, se reproduisent et se propagent, et pourquoi elles demeurent une caractéristique persistante de la civilisation humaine. La recherche souligne que les pandémies ne sont pas des catastrophes historiques isolées, mais des événements biologiques répétés, déclenchés par la concentration humaine, la mobilité et les changements environnementaux – des thèmes qui restent d’une actualité brûlante.
« Cette recherche était à la fois scientifiquement convaincante et personnelle. Elle offrait une opportunité extraordinaire de se plonger dans l’étude de l’histoire humaine à travers le prisme de l’ADN ancien, à une époque où nous vivions nous-mêmes une pandémie mondiale », confie O’Corry-Crowe. « L’expérience de travailler avec des restes humains anciens – des individus qui ont vécu, souffert et sont morts il y a des siècles – et d’utiliser la science moderne pour aider à retrouver et partager leurs histoires a été tout aussi profonde. C’est un rappel humble de notre humanité commune à travers le temps et un témoignage émouvant du pouvoir de la science pour donner la parole à ceux qui sont restés longtemps silencieux. »
Bien que très différentes de la COVID-19, ces deux maladies soulignent le lien durable entre connectivité et risque pandémique, ainsi que le fait que certains agents pathogènes ne pourront jamais être complètement éradiqués.
« Nous luttons contre la peste depuis quelques milliers d’années et des gens en meurent encore aujourd’hui », affirme Jiang. « Comme le COVID, elle continue d’évoluer et les mesures de confinement ne peuvent évidemment pas l’éliminer. Nous devons être prudents, mais la menace ne disparaîtra jamais. »
Forts de cette avancée à Jerash, les chercheurs étendent désormais leurs travaux à Venise, en Italie, et au Lazaretto Vecchio, une île dédiée à la quarantaine et l’un des sites funéraires de la peste les plus importants au monde. Plus de 1 200 échantillons provenant de ce charnier datant de la Peste Noire sont actuellement conservés à l’USF, offrant une occasion sans précédent d’étudier comment les premières mesures de santé publique ont interagi avec l’évolution des agents pathogènes, la vulnérabilité urbaine et la mémoire culturelle.