Publié le 16 février 2026. Des pratiques d’élevage spécifiques influencent la diversité génétique du virus de la grippe A chez les porcelets en sevrage, selon des recherches présentées lors de la Conférence Lémanique du Porc 2025. L’étude met en évidence l’impact de la vaccination et de la gestion des truies sur l’évolution du virus.
- La vaccination de masse ou pré-fécondation est associée à une diminution significative de la diversité génétique du virus de la grippe A (IAV).
- Les systèmes d’élevage tout-in/all-out pour les truies réduisent également la diversité virale par rapport aux systèmes à flux continu.
- L’introduction récente du syndrome reproducteur et respiratoire porcin (SRP) et la taille importante des élevages sont corrélées à une plus grande diversité de l’IAV.
Le virus de la grippe A (IAV) représente un défi majeur pour l’industrie porcine, entraînant des pertes économiques considérables. Sa capacité à évoluer rapidement, en raison de la segmentation de son génome et de la circulation de différentes souches, notamment celles d’origine humaine, favorise l’émergence de nouveaux virus réassortis. Comprendre les facteurs qui influencent cette diversité est donc crucial pour mettre en place des stratégies de contrôle efficaces.
Une équipe de l’Université du Minnesota, menée par Joaquin Alvarez-Norambuena, a étudié la relation entre les pratiques de gestion des élevages et la diversité génétique de l’IAV chez les porcelets en sevrage. Les chercheurs ont analysé des échantillons nasaux provenant de 14 élevages du Midwest américain, en utilisant une approche de séquençage complet du génome viral. Chaque segment génétique a été classé en fonction de son origine, et un génotype a été défini comme la combinaison des différentes lignées détectées dans l’ensemble du génome. En cas de séquençage impossible d’un segment, la mention « non séquencé (N/S) » était incluse dans le génotype.
Pour quantifier la diversité virale, les chercheurs ont utilisé l’indice de diversité de Shannon, qui prend en compte à la fois le nombre de génotypes uniques (richesse) et leur répartition relative (uniformité). Ils ont également recueilli des informations détaillées sur les pratiques de gestion de chaque élevage, notamment les protocoles de vaccination, les systèmes de ventilation, l’origine des truies, leur mode de logement, le statut vis-à-vis du syndrome reproducteur et respiratoire porcin (SRP) et la taille de l’exploitation.
Les résultats ont révélé une variation significative de l’indice de diversité de Shannon entre les différents élevages. L’analyse a mis en évidence un lien fort entre certaines pratiques de gestion et la diversité génétique de l’IAV. La vaccination s’est avérée être le facteur le plus influent : les élevages pratiquant la vaccination de masse ou avant la mise bas présentaient une diversité génétique significativement plus faible que ceux qui ne vaccinaient pas. De même, les élevages utilisant des systèmes tout-in/all-out pour les truies affichaient une diversité réduite par rapport à ceux en flux continu.
En outre, les élevages équipés de systèmes de ventilation mécanique et ceux qui s’approvisionnaient en truies auprès du même système de production présentaient une diversité virale plus faible que ceux utilisant une ventilation mixte ou des sources externes. À l’inverse, l’introduction récente du syndrome reproducteur et respiratoire porcin (SRP) et la taille plus importante des élevages étaient associées à une plus grande diversité de l’IAV.
Cette étude confirme que les pratiques de gestion au niveau de l’élevage peuvent jouer un rôle important dans la diversité génétique de l’IAV chez les porcs. Des pratiques telles que la vaccination, la gestion des truies et la co-infection avec d’autres maladies semblent influencer l’évolution du virus en modulant les opportunités de co-infection et de réassortiment. Les auteurs soulignent l’importance d’intégrer la surveillance de l’IAV aux pratiques de gestion spécifiques afin de concevoir des stratégies de contrôle plus efficaces. Pour en savoir plus sur la Conférence Lémanique du Porc 2025.